1993 m. gegužės 19 d. vadovaujantis LR Klaipėdos rajono valdybos potvarkiu Šnaukštų pagrindinė mokykla reorganizuota į pradinę, o Šiūparių pradinė mokykla reorganizuota į pagrindinę.

1993−1994 m. m. mokėsi 109 mokiniai, buvo 9 klasių komplektai. Mokyklos direktorius − Julius Gindulis, pavaduotoja ugdymui Rima Petraitienė. Dirbo pradinių klasių mokytojai: A. Nedzinskaitė, M. Žemgulytė, J. Gagilaitė ir D. Radavičienė. Br. Rutė ir J. Rutienė − muzikos mokytojai. I. Šeputienė − matematikos, Ž. Bartkevičienė − lietuvių kalbos, J. Venskauskienė − geografijos ir kūno kultūros, J. Urbonas − fizikos ir chemijos, J. Starkutytė − darbų ir biologijos, Guseva − rusų ir anglų kalbų mokytojais.

1994−1995 m. m. mokėsi 123 mokiniai.

1995−1996 m. m. mokėsi 127 mokiniai.

1996−1997 m. m. mokėsi 140 mokinių, buvo 10 klasių komplektų. Įsteigta parengiamoji klasė, 1−9 klasės. Mokyklos direktorius – Julius Gindulis, pavaduotojos: Alvyra Lučinskienė, Jadvyga Rutienė.

1997−1998 m. m. pradėjome veiklą kaip švietimo ir kultūros centras. Įkūrėme vaikų darželio grupę.

1999−2000 m. m. išleidome pirmąją dešimtokų laidą.

2004−2005 m. m. mokyklos direktoriumi tapo Antanas Dulkys, direktoriaus pavaduotojos − Alvyra Lučinskienė ir Javyga Rutienė.
Nuo pat mokyklos įsikūrimo dirba mokytojai: R. Petraitienė, I. Šeputienė, J. Rutienė.

Pradėtas rengti ilgalaikis projektas „Sveika gyvensena“.

Nuo 2004−2005 m. m. mokykla yra remiama p. A. Adamkienės paramos ir labdaros fondo.
Mokykloje organizuojama turininga popamokinė ir neformaliojo ugdymo veikla.

2007−2008 m. m. mokykloje yra darželio ir priešmokyklinio ugdymo grupė. 9 klasių komplekrtai (1 ir 3 klasės jungiamos).

2008−2009 m. m. 8 klasių komplektai (1 ir 3 klasės, 5 ir 6 klasės jungiamos). Skirta daugiau dėmesio dešimtokų profesiniam orientavimui.

2010−2011 m. m. 9 klasių komplektai (2 ir 3 klasės jungiamos). Baigėme įgyvendinti ilgalaikį projektą „Sveika gyvensena“.

2011−2012 m. m. darželis pradėjo dirbti visą darbo dieną. Įrengtas miegamasis, rūbinė, žaidimų aikštelė. 8 klasių komplektai.(Pradinių klasių 2 komplektai).

Įsigijome naują mokyklinį autobusą.

2012−2013 m. m. 2012-10-03 netekome direktoriaus A. Dulkio. Netekome žmogaus, kurio gyvenimas − tarnystė mokyklai.

A. Lučinskienė paskirta l. e. direktoriaus pareigas. Kadangi buvo skelbti 3 konkursai direktoriaus pareigoms eiti, ir tinkamų kandidatų neatsirado, A. Lučinskienė vadovavo mokyklai iki 2016-08-23.

Nuo 2016 m. rugpjūčio 25 d. mokyklai vadovauja direktorė Vilija Rimkuvienė. Mokykloje suformuoti 7 klasių komplektai: 1 ikimokyklinio ugdymo grupė,  1 mišri priešmokyklinio ugdymo grupė, 1–8, 10 klasės.

Nuo 2017 m. rugsėjo 1 d. ugdymo įstaiga tampa Šiūparių mokykla-daugiafunkciu centru. Mokykloje suformuoti 7 klasių komplektai: 2 ikimokyklinio ugdymo grupės,  1 priešmokyklinio ugdymo grupė, 1–8 klasės.